Основной недостаток состоит в том, что отсутствует устоявшееся правовое регулирование, эмиссия электронных денег гарантируется исключительно эмитентом, государство не дает никаких гарантий сохранения их платежеспособности. Это приводит к тому, что электронные деньги не рекомендуется использовать для осуществления крупных платежей, а также для накопления существенных сумм в течение длительного времени. То есть электронные деньги в первую очередь платежное, а не накопительное средство.
Другой недостаток в том, что электронные деньги существуют только в рамках той системы, в рамках которой они эмитированы. Кроме того, электронные деньги не являются общепринятым платежным средством, обязательным к приему. Из-за этого все платежи, совершаемые при помощи электронных денег, сводятся к тому набору, который предоставляет оператор системы, произвольные платежи в рамках системы невозможны. Это очень ограничивает применение электронных денег достаточно специальными случаями, впрочем, развитие систем привело к тому, что покрывается достаточно широкий спектр бытовых платежей.
Кроме того, перевод средств из одной системы электронных денег в другую может быть достаточно неудобной и дорогостоящей операцией, подобный перевод обходится существенно дороже, чем перевод внутри системы.
Несмотря на отличную портативность, электронные деньги нуждаются в специальных инструментах хранения и обращения, а в случае физического уничтожения носителя электронных денег, восстановить денежную стоимость владельцу невозможно. Без специальных электронных устройств нельзя легко и быстро определить, что это за предмет, сумму и т.д.
Средства криптографической защиты, которыми защищаются системы электронных денег, ещё не имеют длительной истории успешной эксплуатации, соответственно безопасность (защищенность от хищения, подделки, изменения номинала и т.п.) не подтверждена широким обращением и беспроблемной историей. Теоретически возможны хищения электронных денег, посредством инновационных методов, используя недостаточную зрелость технологий защиты.